O usuário cria manualmente um cariótipo e o define como padrão, assim seus cromossomos serão chamados de cromossomos padrões e é através deles que o sistema tirará a referência para classificar os cromossomos no pareamento automático. O usuário poderá criar quantos padrões ele quiser de modo que ele poderá ter um padrão para cada situação.

ATUAÇÃO
Os cromossomos do cariótipo poderão ser facilmente movidos pelo usuário com o mouse, que além de arrastá-los permite rotacioná-los, girar 180º e aplicar espelho. Outra função que facilita o trabalho dos usuários é a ferramenta "Anotações" que insere setas indicativas com comentários caso o usuário precise fazer alguma anotação. O Cromhu disponibiliza uma tela para exibir o ideograma do par do cariótipo ao lado do cromossomo para que o usuário possa fazer uma comparação, assim auxiliando-o na identificação dos pares que os cromossomos pertencem.